En Potion Explosion 2nd Edition, los jugadores asumen el papel de los estudiantes que intentan pasar su examen final para el año. Para hacer esto, crearán pociones sacando canicas del nuevo dispensador de plástico. Estos representan ingredientes en las diversas recetas de pociones. Cuando se toma una canica, el resto se desliza por la rampa. ¡Si dos canicas del mismo color se tocan, ocurre una explosión y el jugador también puede tomar esas canicas!
 
Más explosiones significan más canicas y una preparación de pociones más rápida. Cada poción completada también otorga una habilidad especial cuando se bebe. Al final del juego, el jugador que obtiene la mayor cantidad de puntos se considera el jefe de la clase y se gradúa con los máximos honores. La nueva edición es 100% compatible con todas las expansiones anteriores. Agrega un nuevo dispensador de plástico, completo con un cajón para guardar las canicas entre sesiones.